Dnia 2 sierpnia 1945 roku zakończyła obrady konferencja poczdamska. Podpisany przez przedstawicieli wielkich mocarstw dokument końcowy przekazywał pod władzę państwa polskiego byłe niemieckie terytoria położone na wschód od linii biegnącej od Morza Bałtyckiego,  bezpośrednio  na  zachód  od  Świnoujścia, a stąd wzdłuż rzeki  Odry do zbiegu jej
z Nysą Łużycką i wzdłuż tej rzeki do granicy czechosłowackiej.

W odrodzonym państwie polskim, które wróciło do swych piastowskich granic, wiele problemów wymagało natychmiastowych rozstrzygnięć. Od sierpnia 1945 roku Polska Rzeczpospolita Ludowa posiadała linię wybrzeża morskiego o długości 581 km. W stosunku do stanu z 1939 roku, wydłużyła się ona o 441 km.

Z uwagi na długość tej granicy, należało utworzyć na całym wybrzeżu swoiste delegatury Marynarki  Wojennej.  W  tym celu  Naczelny  Dowódca  Wojska  Polskiego  wydał rozkaz  (nr 50 z dn. 22.03.1946 r.), w którym polecił Sztabowi Głównemu MW sformować do dnia 28.04.1946 roku Zachodni Obszar Nadmorski z siedzibą w Świnoujściu. Na dowódcę ZON-u wyznaczony został kmdr Włodzimierz STEYER.

Nazwa Zachodniego Obszaru Nadmorskiego nie przetrwała długo i zarządzeniem Naczelnego Dowódcy WP (nr 25 z dnia 03.04.1946 r.) zmieniono ją na Szczeciński Obszar Nadmorski. Związane to było z nową koncepcją utworzenia dwóch oddzielnych obszarów nadmorskich: szczecińskiego i kołobrzeskiego, w miejsce jednego o nazwie zachodni. Szybko zbliżał się dzień, który zostawił trwały ślad w sercach wielu Polaków - pierwszych osadników oraz zapisał się na kartach historii. Tak oto 03.04.1946 roku (po raz pierwszy w dziejach) do polskiego portu wojennego w Świnoujściu wpłynęły cztery okręty wojenne-trałowce. Były to tzw. ptaszki - ORP "Czajka", ORP "Mewa", ORP "Rybitwa" i ORP "Żuraw" rewindykowane z Niemiec w styczniu 1946 roku. Na pokładach okrętów przybyła do Świnoujścia Kompania Wartownicza pod dowództwem kpt. E. Jereczka.

Organizując flotyllę SON-u w jej skład postanowiono włączyć w/w cztery przedwojenne trałowce (tworzyły 1 Dywizjon Flotylli Trałowców), grupę ścigaczy OP w składzie: "Nieuchwytny", "Śmiały", "Sprawiedliwy" i "Szybki" oraz dwa kutry uzbrojone "Okoń" i "Lin".

Trudności z utrzymaniem w miarę ujednoliconej i zwartej flotylli w Świnoujściu istniały od samego początku jej tworzenia. W lipcu 1949 roku kontradmirał W. STEYER - już jako dowódca Marynarki Wojennej, wystąpił z koncepcją skoncentrowania głównych sił jednostek pływających w Gdyni, gdyż kompletowanie, zaopatrywanie i remonty flotylli w odległym SON nastręczały poważne trudności. Brak okrętów i rozwój nowych rodzajów uzbrojenia, a także zmiany w sytuacji międzynarodowej połączone z redukcją sił zbrojnych zmusiły dowództwo MW do bardziej realnego szukania rozwiązań organizacyjnych podległych mu jednostek.

Tym samym powstała koncepcja baz morskich i artyleryjskiej osłony przybrzeżnego szlaku komunikacyjnego przez baterie artylerii stałej i ruchomej. 21 grudnia 1950 roku nowej jednostce nadano nazwę Bazy Marynarki Wojennej w Świnoujściu i nr 2454. Pierwszym jej dowódcą  był kmdr Tadeusz Rutkowski.  Baza stanowić miała zasadnicze  zaplecze techniczne
i zaopatrzeniowe umożliwiające operacyjne rozwinięcie sił i środków do działań w swojej strefie odpowiedzialności. Wj ej składzie znalazły się nowo sformowane pododdziały i oddziały: Flotylla Środków Desantowych, Rejon Łączności i Obserwacji, 3. Batalion Piechoty Morskiej, 17. Bateria Artylerii Stałej, 12. Samodzielny Pluton Obrony Przeciwchemicznej, ciężki kuter motorowy "Okoń", 2 kutry motorowe oraz 2 ścigacze S-1 i S-2.

Z powstaniem Bazy MW łączy się okres szybkiego rozwoju jednostek pływających. Dowództwo WP analizując rozwój flot wojennych w innych państwach oraz morską operację wojsk amerykańskich  w Korei w 1950 roku,  zdecydowało się przyspieszyć rozwój  piechoty  morskiej i utworzyć dla jej potrzeb zespół okrętów desantowych. Dnia 7 sierpnia 1951 roku powstaje Flotylla Środków Desantowych (przemianowana w 1956 roku na Flotyllę Okrętów Desantowych), w której składzie początkowo znalazło się 21 barek desantowych, 11 barek średnich i 12 kutrów desantowych o łącznej wyporności 3700 ton. W 1955 roku z Helu do Świnoujścia  przebazowano  14. Dywizjon  Kutrów  Trałowych. Jednostki  te brały czynny  udział w oczyszczaniu wód Bałtyku z min (m.in. oczyściły tory wodne: Świnoujście - Szczecin i Świnoujście - Dziwnów).

W ten sposób wzmocniono siły morskie podległe dowódcy bazy i częściowo zrealizowano zadania wynikające z wytycznych naczelnego dowódcy WP nakazujące stworzenie dwóch flotylli; silniejszej dla Bazy Głównej w Gdyni i słabszej dla Bazy Morskiej w Świnoujściu.